Приветствую.
Марк правильно сказал, как вариант может быть проблема именно в шрусе.
Вообще я бы начал со следующей схемы диагностики
1) Проверить балансировку колес. Очень часто сильно разбалансированные или кривые колеса могут дать эффект вибрации. На маленьких скоростях она не всегда проявляется, а при разгоне или на высокой скорости очень даже
2) Нужно определить, остается ли вибрация, если на полном ходу отпустить педаль газа. Также есть смысл на стоящей машине просто покрутить двигатель и подержать его на 2 - 3 тысячах оборотов (обычно рабочие обороты) и посмотреть есть ли вибрация. Если нет, то с двигателем можно вопрос закрыть.
3) Еще как вариант проблема может быть с механизмом коробки передач. Тут уже может сама коробка давать вибрацию, либо сцепление, либо маховик. Насколько я понимаю, сцепление вы недавно меняли, поэтому его опустим. Смотрели ли маховик после снятия старой корзины? Как он себя чувствует? Сервисмены очень не любят делать диагностику маховика, особенно одномассового, поэтому зачастую смотрят "на глаз", при этом он может быть и перегрет и искревлен, что вполне может давать вибрацию, особенно когда разгоняешься.
4) Как уже выше писал Марк - шрусы. Кстати, далеко не всегда их проблему видно невооруженным взглядом. У меня лично была проблема с развалившимся триподом, правда на другом авто, при этом все пыльники были на месте и смазка ниоткуда не текла.
Лично мне кажется, что проблема с маховиком, так что обязательно отпишитесь, когда найдете причину. Удачи в поисках.